Na oddział gastroenterologiczny zgłaszają się pacjenci z zaburzeniami działania układu pokarmowego. Schorzenia, które są leczone w danej placówce, obejmują zmiany dotykające przełyk, żołądek, jelita, drogi żółciowe, hormony trawienne i odbyt. Zadaniem lekarza jest diagnoza i decyzja o podjęciu formy leczenia danej osoby.
Osoby udające się na oddział gastroenterologiczny mają najczęściej choroby trzustki, wątroby, choroby zapalne jelit, refluks czy wrzody żołądka i dwunastnicy. Również w przypadku występowania chorób nowotworowych wyżej wymienionych organów i gruczołów konieczna jest wizyta na oddziale specjalistycznym.
Gastroenterolog może zlecić lub wykonać samodzielnie kilka badań, które pomogą w rozpoznaniu przyczyny dolegliwości. Jedną z nich jest gastroskopia, polegająca na obrazowych oględzinach górnego odcinka pokarmowego za pomocą endoskopu wprowadzanego przez gardło pacjenta. W jej trakcie lekarz ma możliwość dokonania drobnych zabiegów poprawiających funkcjonowanie przełyku. Badanie to dla wielu osób jest stresujące przez występowanie odruchu wymiotnego. Lekarz najczęściej stosuje znieczulenie w celu złagodzenia dyskomfortu.
Kolejnym badaniem jest kolonoskopia polegająca na endoskopowej ingerencji w ciało pacjenta za pomocą urządzenia umieszczanego w odbytnicy. Konieczne jest więc wcześniejsze usunięcie zalegających resztek pokarmowych ze względu na badanie całego jelita grubego. Gastroenterolog może podczas tego badania usunąć polipy jelita i inne zmiany wewnętrzne.